Effektiv Laboratoriya Avtomatlaşdırma Təlimatları üçün opentrons OT-2 İş Stansiyaları

Hazırlıq vərəqi
Ölçmələr və Statistik Təhlil

Müəllifi Kennedy Bae, Ph.D. və Kinnari Watson, Ph.D.

Başlanır

Dərs planını öyrətməzdən əvvəl, dərsdən əvvəl aşağıdakı addımları tamamlayın.

OT-2-ni qutudan çıxarın
Opentron tətbiqini qurun
Pipetləri əlavə edin
Göyərtəni kalibrləyin
Ucu uzunluğu və pipet ofsetini kalibrləyin
İstənilən əlaqəli protokolları tətbiqə idxal edin
OT-2-də protokolu sınaqdan keçirin

Əlavə Dəstək lazımdır?

Texniki dəstək üçün bizimlə yoxlayın Opentron Yardım Mərkəzi müvafiq məqalələr üçün. Əlavə dəstəyə ehtiyacınız varsa, əlaqə saxlayın support@opentrons.com.

Dərs planı ilə bağlı suallarınız varsa, müəlliflər Kennedy Bae ilə əlaqə saxlayın kennedy@opentrons.comvə ya Kinnari Watson, at kinnari@opentrons.com.

Tərbiyəçi bələdçisi
Ölçmələr və Statistik Təhlil

Müəllifi Kennedy Bae, Ph.D. və Kinnari Watson, Ph.D.

Məqsəd

Bu laboratoriya standart əyri yaratmaq üçün ardıcıl seyreltmələrdən istifadə və interpolyasiya üçün standart əyrilərdən istifadə haqqında tələbələrin anlayışını inkişaf etdirmək məqsədi daşıyır.ample dəyərlər. Bura aşağıdakıların qiymətləndirilməsi daxildir:

• Əsas pipetləmə bacarıqları
• Serial seyreltmələr
• Təkrarların ölçülməsi
• Standart əyrinin diapazonu
• Əhəmiyyəti qiymətləndirmək üçün statistik məlumatlardan istifadə

Tələbələr avtomatlaşdırılmış maye emalı ilə paralel olaraq əl ilə pipetləmə həyata keçirir, bu da tələbələrə hər iki texnikanın güclü və imkanlarını görməyə imkan verir.

Tələbə auditoriyası

Bu laboratoriya orta səviyyəli bakalavr biologiya kurslarına giriş zamanı istifadə üçün nəzərdə tutulmuşdur. Sinifdə qeydiyyatdan keçmiş istənilən sayda tələbəni yerləşdirmək çevikdir.

Fon Bilik

Tələbələr pipetləmə, spektrofotometriya, standart əyrilər və statistik analiz haqqında konseptual anlayışa malik olmalıdırlar.

Əsas Bacarıqlar

Laboratoriya bacarıqları
Pipetləmə, sample hazırlanması, və laboratoriya avtomatlaşdırma avadanlıqlarından istifadə

Məlumatların təhlili
Standart əyrilərin, interpolyasiyanın və statistik təhlilin işlənməsi

Tənqidi Düşüncə
Eksperimental məlumatların təfsiri, problemlərin aradan qaldırılması və əsaslı nəticələrin çıxarılması

Təchizat

Opentron Protokolu

Protokolu buradan yükləyin
https://protocols.opentrons.com/protocol/customizable_s erial_dilution_ot2

• üzərində aşağıdakı parametrləri seçin webquraşdırma və təchizatınıza görə səhifə:
  • Pipet növü
  • Dağ tərəfi
  • İpucu Tipi
  • Çuxur növü
  • Plitə növü
• Defolt parametrləri saxlayın:
  • Seyreltmə əmsalı (3)
  • Seyreltmələrin sayı (10)
  • Ümumi qarışdırma həcmi (150)
  • Quyu boşqabında boş (bəli)
  • İpucu istifadə strategiyası (bir ipucu istifadə edin)
  • Hava boşluğunun həcmi (10)

Opentron Avadanlıqları

Opentrons OT-2 Avtomatlaşdırılmış Maye İdarəetmə Robotu
Opentrons p300 8 kanallı pipet

Qeyri-Opentrons Avadanlıqları

Plitə əsaslı spektrofotometr
Məlumatların təhlili üçün proqram təminatı (məs. Excel və ya xüsusi statistika proqramı)
P1000 dəyişən həcmli əl pipetləri (hər tələbəyə bir)
P100 dəyişən həcmli əl pipeti (A Hissəsini nümayiş etdirmək üçün yalnız biri tələb olunur)

Laboratoriya

Opentron 300 μL Ucu Rack
12 quyu
96 quyulu düz alt lövhə
Test boruları (hər şagirdə 6)
Damcılıq (hər şagirdə 1 ədəd)

Reagentlər

Hər tələbəyə 1000 mL diH20
FD&C Blue No. 1 (bu laboratoriyanın hazırlanmasında McCormick® istifadə edilmişdir)

Eksperimental Müddət

Tələb olunan Sinif Sessiyaları
1

Laboratoriya İş vaxtı
Təxmini ümumi vaxt: 2.5-3 saat
Giriş və Kalibrləmə Əyrisinin Yaradılması: 35 dəqiqə
SampHazırlanma və Pipetləmə: 1 saat
Məlumatların toplanması: 30 dəqiqə

Əsas problemlərin aradan qaldırılması

1. Dərsdən əvvəl sınaq imtahanı keçirin; bu yolla hər hansı gözlənilməz hadisələr tələbələr gəlməmişdən əvvəl həll edilə bilər.
2. Plitələrə çarpan uclarla bağlı problemlər demək olar ki, həmişə alternativ laboratoriya avadanlıqlarından və ya robot kalibrləməsindən istifadə ilə əlaqədardır. Əgər bununla qarşılaşırsınızsa və düzgün laboratoriya qurğusunu təsdiqləmisinizsə, robotu yenidən kalibrləməyə cəhd edin.
3. Opentrons Dəstəyi ilə əlaqə saxlamaq lazımdırsa, lütfən, onlara Təhsil üçün Opentron proqramımızın bir hissəsi olduğunuzu və növbəti laboratoriya dərsinizin tarixini bildirin.

Tələb olunan Laboratoriyadan Qabaq Fəaliyyətlər

Bu laboratoriyaya başlamazdan əvvəl tələbələr aşağıdakı texniki bacarıqlara və nəzəri biliklərə malik olmalıdırlar:

• Bir pipetin ucunu əllə olan pipetkaya yükləyin
• Əl ilə pipetlər üçün həcm tənzimləmələri
• Spektrofotometriya üzrə nəzəri biliklər - Tərbiyəçi bu laboratoriya üçün spektrofotometri işlədəcək
• Standart əyriləri başa düşmək, o cümlədən əyrini təyin edən tənlik haqqında bilik və dəyərləri interpolyasiya etmək bacarığı
• Hesablama və şərh vasitələri, standart kənarlaşmalar və R² daxil olmaqla, əsas statistik təhlilin güclü qavrayışı

Prosedur Bələdçisi

1. Laboratoriyaya giriş ~ 15 dəqiqə

İdeal olaraq, tələbələr dərsə gəlməzdən əvvəl laboratoriya təlimatını oxumalıdırlar, lakin pipetləmə üsullarını müzakirə etmək üçün 10 dəqiqə vaxt sərf etməyi planlaşdırırlar.view standart əyrilərin və interpolyasiya sample dəyərlər.

2. Kalibrləmə əyrisinin yaradılması ~ 20 dəqiqə

Sonra, sinif üçün standart əyri generasiyasını (A Hissəsi) nümayiş etdirin (bu laboratoriyada pedaqoqun OT-2 robotunun və spektrofotometrin yeganə operatoru olacağı güman edilir):

1. Mavi boya məhlulunu 50 μL mavi qida boyası və 10 mL diH2O ilə hazırlayın.
2. 200 quyulu düz dibli lövhənin A1-H1 quyularına 96 μL mavi boya məhlulu əlavə edin.
3. Çuxur anbarının A20 quyusuna 1 mL su əlavə edin.
   (Qeyd: Son qatılmadan sonrakı sütun blankların defolt yeridir. Çuxurun/laynın sonuncu quyusu defolt maye zibilidir.)
4. Laboratoriya avadanlıqlarını aşağıdakı kimi təşkil edin:
   a. Yuva 1 = Opentron 300 μL uc rəfi
   b. Yuva 2 = 12 kanallı su anbarı
   c. Yuva 3 = 96 quyulu düz alt lövhə
5. Protokolu işə salmaq üçün OT-2 run proqramına keçin.
6. 96 nm-də 450 quyu boşqabının udma dərəcəsini ölçün.

3. Müzakirə ~ 5 dəqiqə

Serial seyreltmələri yerinə yetirdikdən və standart əyri yaratdıqdan sonra siz bir sinif olaraq yenidən bir araya gəlmək və avtomatlaşdırmanın güclü və imkanlarını müzakirə etmək istəyə bilərsiniz.

4. B Hissəsi: Təlimat Sample Hazırlıq ~ 1 saat

Laboratoriyanın bu hissəsində tələbələrdən laboratoriyanın B Hissəsini müstəqil şəkildə tamamlamaları xahiş olunacaq:

1. Konsentrasiya edilmiş boyanın 200 μL alikvotu toplamaq üçün bir sınaq borusundan istifadə edin.
2. 4 mL seyreltici (diH2O) toplamaq üçün ikinci sınaq borusundan istifadə edin.
3. Qalan 800 borunun hər birinə ən azı 20 μL diH4 pipetlə çəkin. Bunlar sizə çevriləcəkamples.
4. Hər s-ə müxtəlif miqdarda konsentratlaşdırılmış boya paylamaq üçün damcıdan istifadə edinample boru.
5. İlk s-dən 200 μL pipetləample 96 quyu boşqabının quyusuna. Bunu daha 3 dəfə təkrarlayın ki, sizdə 4 təkrar olsunamplövhənin 4 quyusunda le. Bunu hansı quyulara yerləşdirdiyinizi yazınample into (siz çox güman ki, 96 quyu boşqabınızı digər tələbələrlə paylaşacaqsınız – hansının olduğunu bilmək istəyirsiniz.amples sizindir!).
6. Qalan 3 saniyəniz üçün yuxarıdakı addımı təkrarlayınamples. Siz hər s 4 quyu lazımdırample, cəmi 16 quyu üçün, 96 quyu boşqabına dolduruldu.
7. 96 nm-də 450 quyu boşqabının udma dərəcəsini ölçün.

Tələbələr B Hissəsini tamamlayarkən, suallara cavab vermək və tələbənin pipetləmə texnikasını müşahidə etmək üçün laboratoriya ətrafında dövr etməyi planlaşdırın, tələbələrə hansı quyulardan istifadə etdiklərini qeyd etməyi xatırladın və lazım olduqda fərdi kömək göstərin.

5. Məlumatların toplanması ~ 30 dəqiqə

Məlumatların toplanması üçün 30 dəqiqə vaxt verin.

6. Qırılma ~ 10 dəqiqə

Laboratoriyanın sonunda laboratoriya hesabatını qısaca təqdim etmək və tələbələrə stansiyalarını təmizləmək və qalan sualları vermək üçün kifayət qədər vaxt vermək üçün vaxt ayırın.

Laboratoriya hesabatı

Təlimatlar

Tələbələrə kalibrləmə əyrisi məlumatlarını, interpolyasiya olunmuş məlumatları ehtiva edən hərtərəfli laboratoriya hesabatı hazırlamağı tapşırınample dəyərlər və statistik təhlil. Hesabat strukturu və məlumatların təqdimatı üçün təlimatlar təqdim edin. Kəşfiyyat üçün bəzi fikirlər aşağıda verilmişdir.

• Standart əyrini qurun
  • Standartlarınız üçün fərdi dəyərləri birləşdirin.
  • Hər birində orta və standart kənarlaşmanı tapın.
  • Standart əyrini təyin etmək üçün orta dəyərlərdən istifadə edin.
  • R2 dəyərini hesablayaraq hesablanmış əyrinin məlumat nöqtələrinə nə qədər uyğun olduğunu müəyyən edin. Məlumat nöqtələrinə mükəmməl uyğun gələn xəttin R2 dəyəri 1 olduğunu xatırlayın. Hər təcrübə üçün hesablanmış R2 dəyəri ilə yeni standart əyri yaratmaq vacibdir.
• S-in interpolasiyasıample Dəyərlər
  • s-ni interpolyasiya etmək üçün hesablanmış standart əyrinizdən istifadə edinample dəyərləri əl ilə.
  • Sizin hər birinin təkrarları arasında standart sapma nədiramples?
  • Bu fərqliliyin bəzi mümkün səbəbləri hansılardır?
  • Təkrarları ölçməyin faydaları nələrdir?
• Müxtəlif s dəstləri arasında hansı tendensiyaları müşahidə edə bilərsinizamples? Müşahidə olunan fərqlərdən hər hansı biri statistik cəhətdən əhəmiyyətlidirmi?
  • Kənar olanlar varmı? Statistikanın istifadəsi albalı seçmə məlumatlarına qarşı kənar göstəricilərin qiymətləndirilməsinə necə imkan verir?

Tələbə Bələdçisi
Ölçmələr və Statistik Təhlil

Məqsəd

Bu laboratoriya standart əyri yaratmaq üçün ardıcıl seyreltmələrdən istifadə və interpolyasiya üçün standart əyrilərdən istifadə haqqında anlayışınızı inkişaf etdirəcək.ample dəyərlər. Bura aşağıdakıların qiymətləndirilməsi daxildir:

• Əsas pipetləmə bacarıqları
• Serial seyreltmələr
• Təkrarların ölçülməsi
• Standart əyrinin diapazonu
• Əhəmiyyəti qiymətləndirmək üçün statistik məlumatlardan istifadə

Bu laboratoriyada tələbələr əl ilə pipetləmə yolu ilə əldə edilən məlumatlardan, eləcə də OT-2 avtomatlaşdırılmış maye emaledicisindən istifadə edəcəklər ki, bu da tələbələrə hər iki texnikanın güclü və imkanlarını görməyə imkan verəcək.

Tələb olunan Avadanlıq

• Opentrons OT-2 Avtomatlaşdırılmış Maye İdarəetmə Robotu
• Opentrons p300 8 kanallı pipet
• Opentron 300 μL Ucu Rack
• Manual pipet (P1000)
• 12 quyu
• 96 quyulu düz alt lövhə
• 1000 ml deionlaşdırılmış su (diH2O)
• FD&C Blue No. 1 (bu laboratoriyanın hazırlanmasında McCormick® istifadə edilmişdir)
• 6 sınaq boruları
• Damcı

Eksperimental Prosedur

Hissə A: müşahidə edin Standart Curve Generation

OT-2 seriyalı seyreltmələrin avtomatlaşdırılmış pipetləşdirilməsini həyata keçirəcək. Pedaqoqunuz bu standartları spektrofotometrlə ölçəndə standart əyri yarada biləcəklər.

Tərbiyəçiniz OT-2 robotunu hazırlamaq və idarə etmək üçün bu təlimatlara əməl edəcək. 1-4-cü addımlar avtomatlaşdırılmış OT-2 robot addımlarını işə salmazdan əvvəl əl ilə (tərbiyəçiniz və ya tələbə könüllüləri tərəfindən) tamamlanacaq:

1. Mavi boya məhlulunu 50 μL mavi qida boyası və 10 mL diH2O ilə hazırlayın.
2. 200 quyulu düz dibli lövhənin A1-H1 quyularına 96 μL mavi boya məhlulu əlavə edin.
3. Çuxurun A20 quyusuna 1 mL su əlavə edin.

(Qeyd: Son qatılmadan sonrakı sütun blankların defolt yeridir. Çuxurun/laynın sonuncu quyusu defolt maye zibilidir.)

4. Laboratoriya avadanlıqlarını aşağıdakı kimi yerləşdirin:

ο Yuva 1 = Opentron 300 μL uc rafı
ο Yuva 2 = 12 kanallı rezervuar
ο Yuva 3 = 96 quyulu düz dibli lövhə

5. Avtomatlaşdırılmış protokolu işə salmaq üçün OT-2 run proqramına keçin.

ο Protokolu buradan yükləyin
https://protocols.opentrons.com/protocol/customiza ble_serial_dilution_ot2

• üzərində aşağıdakı parametrləri seçin webquraşdırma və təchizatınıza görə səhifə:
  • Pipet növü
  • Dağ tərəfi
  • İpucu Tipi
  • Çuxur növü
  • Plitə növü
• Defolt parametrləri saxlayın:
  • Seyreltmə əmsalı (3)
  • Seyreltmələrin sayı (10)
  • Ümumi qarışdırma həcmi (150)
  • Quyu boşqabında boş (bəli)
  • İpucu istifadə strategiyası (bir ipucu istifadə edin)
  • Hava boşluğunun həcmi (10)

6. 96 nm-də 450 quyu boşqabının udma dərəcəsini ölçün.

Note: Serial dilutions are performed by sequentially transferring aliquots of a standard into increasing amounts of diluent (see diagram). The OT-2 will aspirate an aliquot of the concentrated standards and dispense it into the diluent. It will then mix the concentrated dye and the diluent by repeatedly pipetting the liquid up and down. Then the robot will aspirate an aliquot of the first mixed standard and dispense it into the next column of diluent.

B Hissəsi: Davranış Təlimat Sample Hazırlıq

1. Konsentrasiya edilmiş boyanın 200 μL alikvotu toplamaq üçün bir sınaq borusundan istifadə edin.
2. 4 mL seyreltici (diH2O) toplamaq üçün ikinci sınaq borusundan istifadə edin.
3. Qalan 800 borunun hər birinə ən azı 20 μL diH4 pipetlə çəkin. Bunlar sizə çevriləcəkamples.
4. Müxtəlif s yaratmaqampkonsentratdan və seyrelticdən fərqli miqdarlara malik olanlar: Hər bir damlaya müxtəlif miqdarda konsentratlaşdırılmış boya paylamaq üçün damcıdan istifadə edin.ample boru.
5. İlk s-dən 200 μL pipetləample 96 quyu boşqabının quyusuna. Bunu daha 3 dəfə təkrarlayın ki, sizdə 4 təkrar olsunamplövhənin 4 quyusunda le. Bunu hansı quyulara yerləşdirdiyinizi yazınample into (siz çox güman ki, 96 quyu boşqabınızı digər tələbələrlə paylaşacaqsınız, hansının olduğunu bilmək istəyirsiniz.amples sizindir!).
6. Qalan 5 saniyəniz üçün 6 və 3-cı addımları təkrarlayınamples, beləliklə, hər s-nin 4 təkrarı ilə nəticələnirsinizample 4 quyuda. Siz hər s 4 quyu lazımdırample, cəmi 16 quyu üçün, 96 quyu boşqabına dolduruldu.
7. 96 nm-də 450 quyu boşqabının udma dərəcəsini ölçün.

Tələbə Viktorina
Ölçmələr və Statistik Təhlil

Tələbə Viktorina

1. Standart əyri yaratmaq üçün ardıcıl seyreltmələrdən istifadə etməyin faydası nədir?
2. Bioloji ölçmələrdə kalibrləmə əyrilərinin yaradılması niyə vacibdir?
3. Kalibrləmə əyrilərinin yaradılmasında potensial problemlərdən birini adlandırın və həllini təklif edin.
4. Bu laboratoriyada istifadə olunan avadanlıqların rolunu təsvir edin.
5. Əl ilə pipetləmə ilə bağlı ümumi dəyişkənlik mənbələri hansılardır?
6. Hər s-nin təkrarlarını ölçmək niyə faydalıdır?ample?
7. s interpolyasiya məqsədi nədirampbu təcrübədə le dəyərlər?
8. Statistik təhlil müxtəlif s arasında fərqləri şərh etməyə necə kömək edə bilər?amples?
9. Bu laboratoriyanın tapıntıları bioloji tədqiqatlar üçün necə uyğun ola bilər?

Sənədlər / Resurslar

opentrons OT-2 Effektiv Laboratoriya Avtomatlaşdırılması üçün İş Stansiyaları [pdf] Təlimatlar Effektiv Laboratoriya Avtomatlaşdırılması üçün OT-2 İş Stansiyaları, OT-2, Effektiv Laboratoriya Avtomatlaşdırılması üçün İş Stansiyaları, Effektiv Laboratoriya Avtomatlaşdırması, Laboratoriya Avtomatlaşdırması, Avtomatlaşdırma

İstinadlar

• İstifadəçi təlimatı